Die Wahl der Module ist grundsätzlich frei. Allerdings wird der sogenannte Foundation Layer immer mit lizensiert, da dieser die Basis enthält. Grundsätzlich ist Microsoft Dynamics NAV (vormals Navision) rund um die Finanzbuchhaltung aufgebaut. Da in der Finanzbuchhaltung Basis ein User integriert ist, empfiehlt es sich in den meisten Fällen diese auch dann mit zu lizensieren, wenn die Finanzbuchhaltung nicht benötigt wird.